Intoleransi dalam beragama di Indonesia masih kerap terjadi, mereka yang intoleran menganggap orang yang tidak seagama sebagai orang tidak boleh di berlakukan dengan baik bahkan ada sebagian yang menganggap orang yang tidak seagama sebagai musuh Islam yang harus di perangi. Banyak faktor yang menyebabkan intoleransi di negeri ini, di antaranya:

Pertama, Faktor politik, banyak politikus yang memakai agama sebagai kendaraan kampanye mereka, mulai menakut-nakuti konstuennya hingga mengadudomba antar umat beragama yang tujuannya hanya untuk memenangan calon mereka.

Kedua, Paham keagamaan yang di adobsi dari negara lain yang tidak revan dengan kondisi Indonesia. Orang seperti ini tidak bisa membedakan mana budaya dan mana ajaran agama sehingga mereka kerap mencampurkan adukan antar budaya dan agama serta menganggap budaya sebagai ajaran agama;

Ketiga, Orang sangat militan dalam bergama namun pengetahuan agamanya minim. Ciri orang seperti mereka baru mengetahui sedikit tentang Islam namun mereka sudah kerap berdakwah dan mengisi berbagai kajian Islam mereka membabi buta terhadap apa yang mereka sampaikan yang penting benar menurut mereka walaupun salah dalam pandangan Islam